第六期.md

第六期：R包开发

资料：

• 小抄
• 图书：R 包开发 - http://r-pkgs.had.co.nz/

R 包开发最好和 Git（GitHub） 结合使用。

内容：

• 开发工具
  • RStudio
  • usethis (devtools may be helpful) - usethis 是目前的开发核心包，里面有特别多的工具函数，自己开发时多看一看、试一试效果。
• 开发
  • DESCRIPTION
  • NAMESPACE
  • R/
  • inst/ - optional
  • data/ - usethis::use_data()/usethis::use_data_raw()
  • man/
  • gitignore
  • .Rbuildignore
  • devtools::load_all()
  • devtools::check()
  • 处理 undefined global variables
• 工具函数与非标准计算
  • usethis::use_pipe()
  • usethis::use_tidy_eval() 理解非标准计算阅读 https://shixiangwang.github.io/home/cn/post/2019-07-08-dplyr-programming/
  • {{}} 使用方法见 https://shixiangwang.github.io/home/cn/post/2019-08-04-rlang-operator-curly-curly/
• 包文档与测试
  • roxygen2 - 使用 RMarkdown 语法
  • testthat
  • https://github.com/mikldk/roxytest
• 包使用说明/手册/网站
  • usethis::use_gpl3_license()
  • usethis::use_readme_rmd()/usethis::use_readme_md()
    • usethis::use_badge()
    • usethis::use_lifecycle()
    • ...
    • https://github.com/GuangchuangYu/badger
    • https://github.com/GuangchuangYu/hexSticker
  • NEWS - usethis::use_news_md()
  • CITATION - usethis::use_citation()
  • Vignette - usethis::use_vignette()
  • Pkgdown - usethis::use_pkgdown() and pkgdown::build_site()
• 自动集成
  • GitHub action
    • rlib/actions - https://github.com/r-lib/actions
    • 简单参考 - https://github.com/ShixiangWang/sigminer/blob/master/.github/workflows/r-release-check.yml
  • travis - usethis::use_travis()
  • appveyor - usethis::use_appveyor()
  • 代码覆盖度 - usethis::use_coverage()
• 提交CRAN/Bioconductor
  • 先测试好再提交
    • devtools::check()
    • rhub::check_for_cran() 这个包提供的测试功能比较丰富
  • devtools::submit_cran()
  • Bioconductor没提交过，官网有说明，照着做。

总结一下要点：

• 掌握 R 包结构
• 掌握 usethis 、devtools包
• 编写简约有效的函数代码
• 处理好 devtools::check() 显示的 NOTE/WARNING/ERROR
• 逐步学习写示例、测试、说明书甚至网站
• 实战：提出想法、构建 R 包、不断优化!