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<!DOCTYPE html>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="fr" lang="fr">
<head>
<meta charset="UTF-8"/>
<title>CoVizu</title>
<meta name="description"
content="CoVizu: analyse et visualisation en temps réel de la diversité globale des génomes du SRAS-CoV-2.">
<link rel="stylesheet" href="https://code.jquery.com/ui/1.12.1/themes/base/jquery-ui.css">
<link rel="stylesheet" href="css/style.css">
<link rel="stylesheet" href="css/driver.min.css">
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<script>
/*
Language translations for text in other files.
Change this for every index-lang.html
Note: we cannot display HTML in title attribute, i.e., é will not render.
*/
var i18n_text = {
// time-tree legend titles
region_legend: {
"Africa": "Afrique", // English -> lang
"Asia": "Asie",
"China": "Chine",
"Europe": "Europe",
"North America": "Amérique du Nord",
"Oceania": "Océanie",
"South America": "Amérique du Sud"
},
sample_legend: "Taille de l'échantillon (log10)",
coldate_legend: "Date des échantillons les plus récents",
diverge_legend: "Divergence (prédiction par horloge moléculaire stricte)",
infections_legend: "Infections prévues (log10, en augmentation)",
infections_tooltip: "Infections prévues",
total: "Total",
sampled: "Échantillonné",
displayed: "Montré",
dsc_infections: "Infections en baisse",
null_infections: "N/A",
// side bar data statistics
last_update: "Dernière révision",
number_genomes: "Nombre de génomes",
number_lineages: "Nombre de lignées",
number_cases: "Nombre de cas",
region: "Région",
countries: "Pays",
samples: "Échantillons",
// tooltips
tip_diffs: "Nombre moyen de mutations",
tip_residual: "Ecart à la régression temporelle",
tip_cases: "Nombre de cas",
tip_varcount: "Nombre de variants",
tip_coldates: "Dates de collecte",
tip_mutations: "Mutations",
vedge_parent: "Parent",
vedge_child: "Enfant",
vedge_distance: "Distance génomique",
vedge_support: "Support",
vedge_coldate: "Date de collecte",
hedge_unique_dates: "Dates de collecte uniques",
hedge_coldates: "Dates de collecte (Montré)",
sample_orig_lab: "Laboratoire d'origine",
sample_subm_lab: "Laboratoire de soumission",
sample_authors: "Auteurs",
// walkthrough tour
tour_tree_title: "Arbre phylogénétique",
tour_tree_desc: "Voici un arbre phylogénétique chronologique résumant décrivant les relations de parenté entre les différentes lignées de SARS-CoV-2.",
tour_lin_title: "Les lignées",
tour_lin_desc: "Pour chaque lignée, nous dessinons un rectangle pour représenter la plage de dates de collecte d'échantillons. Pour explorer les échantillons au sein d'une lignée, cliquez sur le rectangle pour récupérer le diagramme en perle.",
tour_legend_title: "Colorier l'arbre",
tour_legend_desc: "Actuellement, l'arbre est coloré par divergence. Parcourez la liste déroulante pour explorer d'autres options.",
tour_beadplot_title: "Diagramme en perle",
tour_beadplot_desc: "Nous utilisons des diagrammes en perle pour visualiser les différentes variantes de SARS-CoV-2 au sein d'une lignée, où et quand ils ont été échantillonnées, et comment ils sont liés entre eux.",
tour_bead_title: "Les perles",
tour_bead_desc: "Les perles indiquent quand ce variant a été échantillonnée. La taille de la perle est proportionnelle au nombre de fois où le variant a été échantillonnée ce jour-là. Les couleurs représentent la région géographique majoritaire dans les échantillons.",
tour_variant_title: "Variant",
tour_variant_desc: "Chaque segment de ligne horizontale représente un variant - des virus ayant des génomes identiques. S'il n'y a pas de perles sur la ligne et qu'elle est grise, alors il s'agit d'un variant non échantillonnée: deux ou plusieurs variantes échantillonnées descendent d'un variant ancestral qui n'a pas été directement observée.",
tour_search_title: "Interface de recherche",
tour_search_desc: `Vous pouvez utiliser la zone de texte pour trouver un échantillon spécifique dans la plage de dates spécifiée. Utilisez les boutons «Précédent» et «Suivant» pour parcourir les résultats de votre recherche, et le bouton «Effacer» pour réinitialiser l'interface de recherche.`,
tour_tables_title: "Tableau synoptique",
tour_tables_desc: "Parcourez les différents onglets pour voir un résumé des pays, des échantillons et des mutations d'un diagramme en perle ou d'une perle particulière.",
tour_end_title: "C'est ça!",
tour_end_desc: `Cliquez ici si vous voulez revoir la visite rapide à tout moment. Pour plus d'aide, vous pouvez également cliquer sur les icônes
<a style="text-decoration: none;" href="https://en.wikipedia.org/wiki/Shoshinsha_mark" target="_new">
🔰</a>.`,
next_bttn: 'Suivant',
previous_bttn: 'Précédent',
close_bttn: 'Fermer',
done_bttn: 'Finir',
// miscellaneous
okay: "D'accord!",
got_it: "J'ai compris!",
tour: "Tour rapide",
loading: `Chargement en cours. Un moment, s'il vous plait...`,
loading_json: "Chargement les données JSON depuis le serveur (~10 sec)...",
country_theaders: ["Région", "Pays", "Compte"],
sample_theaders: ["Num d'ordre", "Nom", "Date"],
mutation_threaders: ["Mutation", "Fréquence", "Phénotype"],
phenotypes: {
'Vaccine neutralization efficacy': 'Éfficacité de neutralisation des vaccins', //English -> translated
'Anthropozoonotic events': 'Événements anthropozoonotiques',
'Gene expression increase': `Augmenation de l'expression des gènes`,
'ACE2 receptor binding affinity': 'Affinité de liason au récepteur ACE2',
'Monoclonal antibody serial passage escape': 'Échappement des anticorps monoclonaux',
'Convalescent plasma escape': 'Évasion de plasma convalescent',
'Antibody epitope effects': `Effets d'épitope d'anticorps`
}
};
</script>
<div class="tooltip" id="tooltipContainer"></div>
<div class="modal">
<div class="modal-content">
<h2 class="modal-title">Search Error</h2>
<div class="modal-text"></div>
<a class="closeBtn" href="javascript:void(0)">x</a>
</div>
</div>
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<div class="app-left">
<div class="bar" style="top: 10px; left: 10px; z-index:10" >
<!-- <span style="display: inline-block; width: 250px; vertical-align: top"> -->
<div class="legend-container">
<label for="select-tree-colours">Colorer les branches:</label>
<select name="tree-colours" id="select-tree-colours">
<option value="Region">Région</option>
<option value="No. samples">T. de l'échantillon</option>
<option value="Collection date">Date de collecte</option>
<option value="Divergence">Divergence</option>
<option value="Infections" selected>Infections</option>
</select>
<div class="legend" id="div-region-legend"></div>
<div class="legend" id="svg-sample-legend"></div>
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<div class="legend" id="svg-diverge-legend"></div>
<div class="legend" id="svg-infections-legend"></div>
</div>
<!-- </span> -->
<!-- <span style="display: inline-block; vertical-align: top"> -->
<div class="search-bar-container">
<div id="search-bar">
<input type="search" id="search-input"
placeholder="e.g., B.1.351 ou EPI_ISL_434070 ou Canada">
<input id="start-date" class="dates"
placeholder="Début">
to
<input id="end-date" class="dates"
placeholder="Fin">
<span onclick="$('#help-search').dialog('open');" style="cursor: help">🔰</span>
</div>
<br/>
<div id="navigation" style="padding-top: 5px">
<button type="button" id="search-button">Rechercher</button>
<button type="button" id="clear_button">Réinitialiser</button>
<button type="button" id="previous_button">Précédent</button>
<button type="button" id="next_button">Suivant</button>
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<span>points</span>
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<div style="padding-top: 5px;">
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<div class="tree-beadplot">
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<div id="tree-inner-vscroll"></div>
</div>
<div class="leftbox">
<div class="floattitle" id="tree-title">
<div>
Phylogénie temporelle
<span class="clicker" title="Télécharger la phylogénie" onclick="save_timetree()">
NWK
</span>
<div class="clicker" title="Télécharger les statistiques au format CSV" onclick="export_csv();"> CSV </div>
<span title="Aide avec la phylogénie" onclick="$('#help-timetree').dialog('open');" style="cursor: help">🔰</span>
</div>
<div>
<label for="display-tree">Display:</label>
<select name="display-tree" id="display-tree">
<option value="Non-Recombinants" selected="selected">Non-Recombinants</option>
<option value="XBB Lineages">XBB Lineages</option>
<option value="Other Recombinants">Other Recombinants</option>
</select>
</div>
</div>
<div id="tree-cutoff" style="position: relative;">
<div id="cutoff-date"></div>
<img id="loading-tree" src="img/Loading_icon_cropped.gif"/>
</div>
<div class="floattile" id="tree-slider">
<div id="tree-slider-handle" class="ui-slider-handle"></div>
</div>
<div id="cutoff-line" style="visibility: hidden"></div>
<div class="floattitle" id="svg-timetreeaxis" style="top: 58px; z-index: 13"></div>
<div class="tree-container">
<div class="tree-content" id="svg-timetree" style="width: 250px; max-width: 250px;">
</div>
</div>
</div>
<div class="middlebox">
<div class="floattitle" id="beadplot-title">
<div>Diagramme en perle</div>
<div class="clicker" id="beadplot-nwk" title="Télécharger comme un arbre" onclick="save_beadplot();"> NWK </div>
<div class="clicker" title="Télécharger le SVG" onclick="export_svg();"> SVG </div>
<div title="Aide avec le diagramme en perle" onclick="$('#help-beadplot').dialog('open');" style="cursor: help">🔰</div>
<div class="edge-cuttoff">
<label style="vertical-align: middle;" for="vedge-slider">Limite de liens: </label>
<div id="left-arrow" class="arrow">
<div style="transform: translateY(-25%);" class="larrow">‹</div>
</div>
<div id="vedge-slider">
<div id="custom-handle" class="ui-slider-handle"></div>
</div>
<div id="right-arrow" class="arrow">
<div style="transform: translateY(-25%);" class="rarrow">›</div>
</div>
</div>
<label class="expand" style="vertical-align: middle;"> Étendre: </label>
<label class="switch">
<input type="checkbox" id="expand-option">
<span class="slider round"></span>
</label>
</div>
<div class="floattitle" id="svg-clusteraxis" style="top: 58px; z-index: 14"></div>
<div id="beadplot-hscroll">
<div id="inner-hscroll"></div>
</div>
<div class="beadplot-content" id="svg-cluster"></div>
</div>
<div id="beadplot-vscroll">
<div id="inner-vscroll"></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="app-right">
<div>
<div style="top: 0; right: 0; z-index: 10; width: 270px">
<a href="https://github.com/PoonLab/covizu" target=“_new” class="github-corner" aria-label="View source on GitHub">
<!-- https://github.com/tholman/github-corners -->
<svg width="80" height="80" viewBox="0 0 250 250" style="fill:#151513; color:#fff; position: absolute; top: 0; border: 0; right: 0; z-index: 21" aria-hidden="true">
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<path d="M128.3,109.0 C113.8,99.7 119.0,89.6 119.0,89.6 C122.0,82.7 120.5,78.6 120.5,78.6 C119.2,72.0 123.4,76.3 123.4,76.3 C127.3,80.9 125.5,87.3 125.5,87.3 C122.9,97.6 130.6,101.9 134.4,103.2" fill="currentColor" style="transform-origin: 130px 106px;" class="octo-arm"></path>
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</a>
</div>
<div class="rightbox">
<div class="sticky">
<div style="padding-top: 10px; cursor: help;">
<h1><span id="intro" onclick="$('#splash').dialog('open');">CoVizu</span></h1>
</div>
<div style="font-size: 8pt;">
<a href="index.html">en</a>
<a href="index-es.html">es</a>
<a href="index-fr.html">fr</a>
<a href="index-zh.html">zh</a>
</div>
<div style="padding-top: 10px; padding-right: 6px;">
<h3>Visualisation en temps réel de la variation génomique du SRAS-CoV-2 (hCoV-19).</h3>
</div>
<span style="width: 250px">
<div class="gisaid">Basé sur les données de <a href="https://gisaid.org" target="_new">
<img src="https://www.gisaid.org/fileadmin/gisaid/img/schild.png"
height="24px"/>
</a>
</div>
</span>
</div>
<p>
<div style="font-size: 0.9em;" id="div-last-update"></div>
<div style="font-size: 0.9em;" id="div-number-genomes"></div>
<div style="font-size: 0.9em;" id="div-number-lineages"></div>
</p>
<div id="tabs">
<ul>
<li style="font-size: 0.8em"><a href="#tabs-1">Pays</a></li>
<li style="font-size: 0.8em"><a href="#tabs-2">Échantillons</a></li>
<li style="font-size: 0.8em"><a href="#tabs-3">Mutations</a></li>
</ul>
<div id="tabs-1">
<div class="breaker" id="barplot"></div>
<div style="overflow-y: auto; overflow-x: hidden; max-height: 200px" id="country-table"></div>
</div>
<div id="tabs-2">
<div id="seqtable-hint" class="hint">
Passer la souris sur les accessions (EPI_ISL_#) pour afficher le laboratoire et d'autres informations.
</div>
<div style="overflow-y: auto; overflow-x: hidden; max-height: 200px" id="seq-table"></div>
</div>
<div id="tabs-3">
<div id="muttable-hint" class="hint">
Annotations phénotypiques extraites de <a href="https://github.com/nodrogluap/pokay">Pokay</a>,
organisées par <a href="https://people.ucalgary.ca/~gordonp/">Paul Gordon</a> et son équipe.
<br/>
<div class="clicker" title="Télécharger les fréquences de mutation au format CSV" onclick="export_muttable();"> CSV </div>
</div>
<div style="overflow-y: auto; overflow-x: hidden; max-height: 200px" id="mut-table"></div>
<table id="muttable-legend" class="legend"></table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="splash" title="Bienvenue">
<p>
<b>CoVizu</b> est un <a href="https://github.com/PoonLab/CoVizu" target="_new">projet open source</a> permettant de visualiser la diversité mondiale
des génomes du SRAS-CoV-2, fournis par
<a href="https://gisaid.org" target="_new">l'initiative GISAID</a>.
</p>
<p>
Cette page web montre deux visualisations interatives de ces données.
Sur la gauche, est affiché un <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_tree" target="_new">
arbre phylogénétique</a> des relations évolutives entre les différentes
<a href="https://cov-lineages.org" target="_new">lignées du SRAS-CoV-2</a>.
Chacune de ces lignées regroupe plusieurs milliers des génomes similaires, reliant les
épidémies qui se produisent à différents endroits;
<a href="https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5" target="_new">Rambaut
<i>et al.</i> 2020</a>).
</p>
<p>
En cliquant sur une lignée on fait apparaître un «diagramme en perle» au centre de la page.
Sur une même ligne horizontale sont reproupés les échantillons partageant le
même génome.
Les cercles représentent les dates auxquelles le variant a été
échantillonné.
</p>
<p>
Pour plus d'aide, cliquez sur les
<a style="text-decoration: none;" href="https://en.wikipedia.org/wiki/Shoshinsha_mark" target="_new">
🔰</a> icônes.
</p>
</div>
<div id="help-timetree" title="Aide: Phylogénie temporelle des lignées">
<p>
Un arbre phylogénétique est un modèle montrant comment différentes
populations ont evolué à partir de leurs ancêtres communs.
L'arbre representé ici (génére avec
<a href="https://github.com/neherlab/treetime">
TreeTime</a> v0.8.0) résume l'évolution des différentes
<a href="https://cov-lineages.org" target="_new">lignées de SRAS-CoV-2</a>,
qui sont pré-définies en regroupant les virus en fonction de la similarité
de leurs génomes.
</p>
<p>
L'échelle temporelle est réprésentée en haut de l'arbre.
L'ancêtre le plus ancien (racine) est sur la gauche,
les descendants les plus récents sont sur la droite.
On estime la date d'emergence en comparant les génomes et en supposant
un <a href="http://virological.org/t/phylodynamic-analysis-176-genomes-6-mar-2020/356" target="_new">
taux d'evolution constant</a>.
</p>
<p>
Pour chaque lignée on dessine un rectangle représentant l'intervalle de temps
pendant lequel la lignée a été échantillonnée,
coloré en fonction de la région
dans laquelle elle a été le plus souvent observée.
Cliquez dessus pour explorer les échantillons de chaque lignée et
afficher un diagramme en perle.
</p>
</div>
<div id="help-beadplot" title="Aide: Diagramme en perle">
<p>
On utilise un diagramme en perle pour visualiser les différents variants de SRAS-CoV-2
d'une même <a href="https://cov-lineages.org" target="_new">lignée</a>,
où et quand ils ont été échantillonnés, et comment
ils sont liés les uns aux autres.
Chaque objet dans le diagramme contient des informations supplémentaires visibles en
passant avec la souris.
</p>
<p>
Chaque ligne horizontale représente un variant – des virus avec
<span class="hint" title="C'est un peu plus compliqué. Beaucoup de génomes ont des séquences identiques, mais certains ont des séquences incomplètes, des parties du génome qui n'ont pas été correctement séquencées. Puisqu'on ne peut être certain à 100% que deux génomes incomplêts sont identiques, on ré-échantillonne les génomes 100 fois aléatoirement (bootstrap non-paramétrique) et on évalue la probabilité que ces genomes soient liés.">des génomes identiques</span>.
Sur une même ligne horizontale sont dessinées des perles qui indiquent quand le variant a été échantillonné.
Quand deux ou plus de variants descendent d'un même variant qui n'a pas été directement observé,
alors la ligne est grise et ne contient aucune perle ce qui indique un variant non-échantillonné.
</p>
<p>
La taille de la perle représente le nombre de fois que le variant a été observé à cette date.
Regouper ainsi les échantillons indentiques (en séquence et en date) est nécessaire pour ce type d'épidemie rapide avec des centaines de milliers de séquences, <i>e.g.,</i>
la lignée D.2 en Australie.
Les perles sont <span class="hint" title="La légende est visible sur la droite dans le diagramme en boites répresentant les régions et pays.">colorées</span>
en fonction de la région où les échantillons ont été le plus souvent observés.
</p>
<p>
Les lignes verticales représentent les <span class="hint" title="The direction of ancestor-descendant relationships is based on midpoint rooting of the consensus neighbor-joining tree. This is a crude method, so be cautious about over-interpreting the directionality of these relationships.">relations d'ancestralité</span> entre les différentes lignes horizontales (les variants).
Les relations sont estimées via <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining">la methode neighbor-joining</a> en utilisant <a href="https://birc.au.dk/software/rapidnj/">RapidNJ</a>.
Pour chaque lien le champ "distance genomique" de l'info-bulle indique le nombre de différences (mutations) entre ancêtre et descendant.
Puisqu'il est difficile de reconstruire la date exacte où ces mutations ont émergé,
on a choisi d'utiliser la date où le premier échantillon a été observé.
</p>
</div>
<div id="help-search" title="Aide: Interface de recherche">
<p>
Puisqu'il y a un nombre considérable d'échantillons séquencés qu'on tente ici de
visualiser, on a ajouté en haut de la page une interface permettant de faire des
recherches simples.
</p>
<p>
Vous pouvez l'utiliser pour rechercher un échantillon particulier à partir de son accession GISAID.
Si vous entrez le début de l'accession, le champ proposera un certain de nombre de
possibilités (autocomplétion).
Vous pouvez aussi entrer le début d'un nom de pays, par exemple rechercher "Madaga"
vous amènera à la première lignée qui contient des échantillons de Madagascar.
</p>
<p>
Utilisez les boutons "Précédent" et "Suivant" pour naviguer entre les
résultats de la recherche, et le bouton "Réinitialiser" pour annuler la recherche.
</p>
</div>
<div id="dialog" title="Remerciements">
<p>
Nous addressons nos remerciements à l'initiative GISAID ainsi qu'à tous ceux qui ont
produit les données, les auteurs, les laboratoires qui ont collecté les
échantillons des patients, et les laboratoires qui ont réalisé le
séquençage, l'assemblage des génomes, les métadonnées, et qui ont
partagé leurs données sur GISAID, nous permettant de réaliser cette visualisation.
</p>
<p>
Elbe, S., and Buckland-Merrett, G. (2017)
Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health.
<i>Global Challenges</i>, 1:33-46.<br/>
DOI: <a href="https://doi.org/10.1002/gch2.1018" target=“_new”>10.1002/gch2.1018</a>
PMCID: <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31565258/" target=“_new”>31565258</a>
</p>
<p>
Note : si vous utilisez les résultats de ces analyses dans vos publications, assurez-vous de
mentionner et remercier les auteurs des données :
“We gratefully acknowledge all the Authors, the Originating laboratories responsible for
obtaining the specimens, and the Submitting laboratories for generating the genetic sequence
and metadata and sharing via the GISAID Initiative, on which this research is based.”
</p>
<p>
Également, citez la référence suivante :
Shu, Y., McCauley, J. (2017) GISAID: From vision to reality. <i>EuroSurveillance</i>, 22(13)<br/>
DOI: <a href="https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494" target=“_new”>10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494</a>
PMCID: <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5388101/" target=“_new”>PMC5388101</a>
</p>
</div>
<footer class="footer">
GISAID data provided on this website are subject to GISAID’s
<a href="https://www.gisaid.org/DAA/" target=“_new”>Terms and Conditions</a>
  
<button class="ack" id="ack-open" onclick="console.log('click');">Acknowledgements</button>
</footer>
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</html>