\n",
+ "\n",
+ "\n",
+ "```sh\n",
+ "data/\n",
+ "└── processed/\n",
+ " ├── immune/\n",
+ " │ ├── cell_table/\n",
+ " │ │ └── cell_table_immune_thresholded.parquet\n",
+ " │ ├── image_data/\n",
+ " │ │ ├── fov1/\n",
+ " │ │ │ ├── chan1.tiff\n",
+ " │ │ │ ├── chan2.tiff\n",
+ " │ │ │ └── ...\n",
+ " │ │ └── ...\n",
+ " │ └── segmentation/\n",
+ " │ └── deepcell_output/\n",
+ " │ ├── fov1_whole_cell.tiff\n",
+ " │ └── ...\n",
+ " ├── tumor/\n",
+ " │ └── cell_table/\n",
+ " │ └── cell_table_tumor_thresholded.parquet\n",
+ " ├── image_data/\n",
+ " │ ├── fov1/\n",
+ " │ │ ├── chan1.tiff\n",
+ " │ │ ├── chan2.tiff\n",
+ " │ │ └── ...\n",
+ " │ └── ...\n",
+ " └── segmentation/\n",
+ " └── deepcell_output/\n",
+ " ├── fov1_whole_cell.tiff\n",
+ " └── ...\n",
+ "```\n",
+ "\n",
+ " | \n",
+ "\n",
+ "\n",
+ "```sh\n",
+ "data/\n",
+ "└── vitessce/\n",
+ " ├── fov1/\n",
+ " │ ├── immune/\n",
+ " │ │ ├── whole_cell_table.zarr\n",
+ " │ │ ├── image.ome.zarr\n",
+ " │ │ └── segmentation.ome.zarr\n",
+ " │ ├── tumor/\n",
+ " │ │ ├── whole_cell_table.zarr\n",
+ " │ │ ├── image.ome.zarr\n",
+ " │ │ └── segmentation.ome.zarr\n",
+ " │ └── configs/\n",
+ " │ ├── immune_config.json\n",
+ " │ ├── tumor_config.json\n",
+ " │ └── both_config.json\n",
+ " └── ...\n",
+ "```\n",
+ "\n",
+ " | \n",
+ "
\n",
+ "