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README.md

File metadata and controls

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Raw

SeuratExplorer

Lifecycle: experimental

为什么做这个R包

目前还没有很好的用于可视化Seurat分析结果的工具，当生物信息分析员将结果交给用户后，用户如果没有任何R语言基础，还是比较难去自行进行结果检索和再分析，这个R包可以帮助此类用户进行交互，实现分析结果的可视化，方便用户自行出图。用户仅需要在自己电脑上配置好R和Rstudio，然后安装运行此软件即可，无需其他操作。

本质上就是把R包Seurat里的部分绘图工具和差异分析工具进行可视化！

此R包参考了开源程序Hla-Lab/SeuratExplorer.

An interactive R shiny application for exploring scRNAseq data processed in Seurat

A Live Demo

Support Rds file size no more than 5GB. Open

Installation

You can install the development version of SeuratExplorer like so:

if(!require(devtools)){install.packages("devtools")}
install_github("fentouxungui/SeuratExplorer")

建议将各个软件包升级到最新版本！否则可能出现兼容问题

Run App:

library(SeuratExplorer)
launchSeuratExplorer()

Functions

Load data

  • support data processed by Seurat V5 and older versions. it may takes a while for loading data.

Cell Meta

  • 支持下载cell meta信息，可用于统计特定分辨率下的细胞比例。

Dimplot

  • 支持选择Dimension Reductions

  • 支持选择不同的细胞分群方案

  • 支持split

  • 支持调整图像长宽比

  • 支持是否显示cluster label

  • 支持调整label大小

  • 支持调整点的大小

  • 支持pdf下载，所见即所得

Example plots:

FeaturePlot

  • 支持输入多个基因名，以空格分割，基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因！

  • 支持选择Dimension Reductions

  • 支持split

  • 支持自定义最大和最小表达值对应的颜色

  • 支持调整图像长宽比

  • 支持调整点的大小

  • 支持pdf下载，所见即所得

VlnPlot

  • 支持输入多个基因名，以空格分割，基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因！

  • 支持选择不同的细胞分群方案

  • 支持split

  • 支持stack和flip图像, 和指定颜色的映射

  • 支持自定义最大和最小表达值对应的颜色

  • 支持调整点的大小

  • 支持调整x轴和y轴label的字体大小

  • 支持调整图像长宽比

  • 支持pdf下载，所见即所得

DotPlot

  • 支持输入多个基因名，以空格分割，基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因！

  • 支持选择不同的细胞分群方案和指定所使用的clusters

  • 支持split

  • 支持对cluster/idents进行聚类

  • 支持旋转坐标轴lable和旋转整个图像

  • 支持调整点的大小和透明度

  • 支持调整x轴和y轴label的字体大小

  • 支持调整图像长宽比

  • 支持pdf下载，所见即所得

DoHeatmap

  • 支持输入多个基因名，以空格分割，基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因！

  • 支持选择不同的细胞分群方案

  • 支持调整cluster label的大小、xy轴的位置和旋转角度

  • 支持调整Group bar的高度

  • 支持调整Group间的间隙大小

  • 支持调整基因名的字体大小

  • 支持调整图像长宽比

  • 支持pdf下载，所见即所得

RidgePlot

  • 支持输入多个基因名，以空格分割，基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因！

  • 支持选择不同的细胞分群方案

  • 支持调整列的数目

  • 支持Stack和指定颜色的映射

  • 支持调整x轴和y轴label的字体大小

  • 支持调整图像长宽比

  • 支持pdf下载，所见即所得

DEGs Analysis

  • 支持同时计算所有群的marker基因

  • 支持计算指定群之间的差异基因

  • 支持先做subset，再计算指定群之间的差异基因

  • 支持自定义部分计算参数

  • 支持结果下载

Session Info

#> R version 4.4.1 (2024-06-14 ucrt)
#> Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
#> Running under: Windows 11 x64 (build 22631)
#> 
#> Matrix products: default
#> 
#> 
#> locale:
#> [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8 
#> [2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8   
#> [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8
#> [4] LC_NUMERIC=C                               
#> [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    
#> 
#> time zone: Asia/Shanghai
#> tzcode source: internal
#> 
#> attached base packages:
#> [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] compiler_4.4.1    fastmap_1.2.0     cli_3.6.3         tools_4.4.1      
#>  [5] htmltools_0.5.8.1 rstudioapi_0.16.0 yaml_2.3.8        rmarkdown_2.27   
#>  [9] highr_0.11        knitr_1.47        xfun_0.45         digest_0.6.36    
#> [13] rlang_1.1.4       evaluate_0.24.0