diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index 9f149a2..7f17e88 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -105,7 +105,7 @@ knitr::kable(data_meta) # saveRDS(data_meta, file = "./inst/extdata/demo/others/sample-paramters.rds") ``` -其他参数可以在App运行过程中进行修改。必填项目一般是否数据分析员所设定的,其他参数可由用户自行设定。 +其他参数可以在App运行过程中进行修改。必填项目一般是由数据分析员设定的,其他参数可由用户自行设定。 ### Explore data @@ -153,6 +153,8 @@ shinyApp( ) ``` +A live [demo](http://www.nibs.ac.cn:666/Test-SeuratExplorer-Server/). + ## Rsession info ```{r echo=FALSE} diff --git a/README.md b/README.md index cd15131..1787091 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -124,7 +124,7 @@ knitr::kable(data_meta) # saveRDS(data_meta, file = "./inst/extdata/demo/others/sample-paramters.rds") ``` -其他参数可以在App运行过程中进行修改。必填项目一般是否数据分析员所设定的,其他参数可由用户自行设定。 +其他参数可以在App运行过程中进行修改。必填项目一般是由数据分析员设定的,其他参数可由用户自行设定。 ### Explore data @@ -172,6 +172,8 @@ shinyApp( ) ``` +A live [demo](http://www.nibs.ac.cn:666/Test-SeuratExplorer-Server/). + ## Rsession info #> R version 4.3.0 (2023-04-21 ucrt) diff --git a/examples/shinyapps.io/app.R b/examples/shinyapps.io/app.R deleted file mode 100644 index 6f5237e..0000000 --- a/examples/shinyapps.io/app.R +++ /dev/null @@ -1,7 +0,0 @@ -if(!require(devtools)){install.packages("devtools")} -if(!require(SeuratExplorer)){install_github("fentouxungui/SeuratExplorer")} -if(!require(SeuratExplorerServer)){install_github("fentouxungui/SeuratExplorerServer")} - -launchSeuratExplorerServer(Encrypted = TRUE) - - diff --git a/examples/shinyserver/app.R b/examples/shinyserver/app.R deleted file mode 100644 index 02597c2..0000000 --- a/examples/shinyserver/app.R +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -if(!require(devtools)){install.packages("devtools")} -if(!require(SeuratExplorer)){install_github("fentouxungui/SeuratExplorer")} -if(!require(SeuratExplorerServer)){install_github("fentouxungui/SeuratExplorerServer")} - diff --git a/man/initialize_metadata.Rd b/man/initialize_metadata.Rd index bb995ed..6a792f4 100644 --- a/man/initialize_metadata.Rd +++ b/man/initialize_metadata.Rd @@ -4,14 +4,14 @@ \alias{initialize_metadata} \title{初始化样本的元数据信息} \usage{ -initialize_metadata(reports.main, Rds.path, reports.second, Sample.name) +initialize_metadata(Reports.main, Rds.path, Reports.second, Sample.name) } \arguments{ -\item{reports.main}{主分析目录, Rds文件位于此目录中,并且所有位于该目录下的指定文件也会被收录到reports中,以sample name进行命名和区分。} +\item{Reports.main}{主分析目录, Rds文件位于此目录中,并且所有位于该目录下的指定文件也会被收录到reports中,以sample name进行命名和区分。} \item{Rds.path}{Rds文件在主分析目录中的相对目录} -\item{reports.second}{次要分析目录,此目录中的分析报告也会被加载到reports临时目录中,比如cellranger的结果。放到Others子目录下。} +\item{Reports.second}{次要分析目录,此目录中的分析报告也会被加载到reports临时目录中,比如cellranger的结果。放到Others子目录下。} \item{Sample.name}{Sample name} } @@ -22,9 +22,9 @@ A data.frame 搭建新的app时,用于初始化元数据,记录了数据的分析主要和次要分析目录、Rds文件的在主分析目录中的路径和各样本的名字,主要分析目录会包含Rds文件。 } \examples{ -# initialize_metadata(reports.main = c("inst/extdata/demo/fly-gut-EEs-scRNA", "inst/extdata/demo/mouse-gut-haber"), +# initialize_metadata(Reports.main = c("inst/extdata/demo/fly-gut-EEs-scRNA", "inst/extdata/demo/mouse-gut-haber"), # Rds.path = c("Rds-file/G101_PC20res04.rds", "haber.tsne.embeding.rds"), -# reports.second = c(NA, NA), +# Reports.second = c(NA, NA), # Sample.name = c("Fly-Gut-EEs-scRNAseq-GuoXT", "Mouse-Intestine-scRNAseq-Haber")) # saveRDS(data_meta,file = "./inst/extdata/demo/others/sample-paramters.rds") } diff --git a/man/launchSeuratExplorerServer.Rd b/man/launchSeuratExplorerServer.Rd index 4ecb81f..87b57df 100644 --- a/man/launchSeuratExplorerServer.Rd +++ b/man/launchSeuratExplorerServer.Rd @@ -7,8 +7,7 @@ launchSeuratExplorerServer( Encrypted = TRUE, credentials = data.frame(user = "shiny", password = "12345", stringsAsFactors = FALSE), - paramterfile = system.file("extdata/demo/others", "sample-paramters.rds", package = - "SeuratExplorerServer"), + paramterfile = revise_path(), TechnicianEmail = "zhangyongchao@nibs.ac.cn", TechnicianName = "ZhangYongchao" )