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TESTINDEX:=./testdata/index/test.fa
TEMPINDEX:=./testdata/index/temp.fa
VERSION:=RaligNAtorMT1.2
all:
mkdir ./bin/
cd ./RaligNAtorMT/ && make && mv RaligNAtorMT ../bin/
cd ./sufconstruct/ && make && mv sufconstruct ../bin/
tar:./bin/RaligNAtorMT ./bin/sufconstruct
mkdir ./$(VERSION)/
mkdir ./$(VERSION)/bin/
mkdir ./$(VERSION)/testdata/
mkdir ./$(VERSION)/testdata/index/
cp ./bin/RaligNAtorMT ./$(VERSION)/bin/
cp ./bin/sufconstruct ./$(VERSION)/bin/
cp $(TESTINDEX).alph ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).base ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).des ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).lcp ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).seq ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).suf ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).sufinv ./$(VERSION)/testdata/index/
cp $(TESTINDEX).tseq ./$(VERSION)/testdata/index/
cp ./RaligNAtor1.2-manual.pdf ./$(VERSION)/
cp ./gpl.txt ./$(VERSION)/
cp ./testdata/result.out ./$(VERSION)/testdata/
cp ./testdata/test.pat ./$(VERSION)/testdata/
cp ./testdata/test.fa ./$(VERSION)/testdata/
cp ./testdata/test.sh ./$(VERSION)/testdata/
tar zcvf $(VERSION).tar.gz ./$(VERSION)/
rm -R ./$(VERSION)/
test:./bin/RaligNAtorMT ./bin/sufconstruct ./testdata/test.sh
cd ./testdata/ && chmod 755 ./test.sh && ./test.sh
clean:
cd ./RaligNAtorMT/ && make clean
cd ./sufconstruct/ && make clean
rm -R -f ./bin/ ./$(VERSION)/
rm -f $(TEMPINDEX).* ./testdata/temp_*