-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 2
/
Makefile_HPC_gnu_OMPI
212 lines (179 loc) · 7.49 KB
/
Makefile_HPC_gnu_OMPI
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
MPI_COMPILE_FLAGS = $(shell mpif90 --showme:compile)
MPI_LINK_FLAGS = $(shell mpif90 --showme:link)
MPI_INC_DIR= $(shell mpif90 --showme:incdirs)
#Set FFTW_DIR environment variable
FFTW_COMPILE_FLAGS =-I$(FFTW_DIR)include -I$(FFTW_DIR)lib
FFTW_LINK_FLAGS = -L$(FFTW_DIR)lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_threads -lm
#Set XC_DIR environment variable
XC_COMPILE_FLAGS =-I$(XC_DIR)include -I$(XC_DIR)lib
XC_LINK_FLAGS = -L$(XC_DIR)lib -lxcf03 -lxc
FC = mpif90
CC = mpicc
MODCMD = -J
OBJDIR = obj
SRCDIR = src
MODDIR = mod
MAINDIR=main
SAODIR=system_and_options
TYPDIR=types
INTDIR=interfaces
TASKDIR=tasks
PHYSDIR=physics
CALCDIR=calculations
PAWDIR=libpaw
FFT=fftw
parallel=mpi
xc=libxc
linear_algebra=lapack
INC= -I$(MODDIR)/$(PAWDIR) -I$(MODDIR)/$(TYPDIR) -I$(MODDIR)/$(INTDIR) -I$(MODDIR)/$(SAODIR) -I$(MODDIR)/$(TASKDIR) -I$(MODDIR)/$(PHYSDIR) -I$(MODDIR)/$(CALCDIR) -I$(MODDIR)/$(MAINDIR) $(MPI_COMPILE_FLAGS) $(FFTW_COMPILE_FLAGS) $(XC_COMPILE_FLAGS)
MOD_DIRECTORIES= $(MODDIR)/$(MAINDIR) $(MODDIR)/$(CALCDIR) $(MODDIR)/$(PHYSDIR) $(MODDIR)/$(TASKDIR) $(MODDIR)/$(SAODIR) $(MODDIR)/$(INTDIR) $(MODDIR)/$(TYPDIR) $(MODDIR)/$(PAWDIR)
OBJ_DIRECTORIES= $(OBJDIR)/$(MAINDIR) $(OBJDIR)/$(CALCDIR) $(OBJDIR)/$(PHYSDIR) $(OBJDIR)/$(TASKDIR) $(OBJDIR)/$(SAODIR) $(OBJDIR)/$(INTDIR) $(OBJDIR)/$(TYPDIR) $(OBJDIR)/$(PAWDIR)
$(shell mkdir -p $(MOD_DIRECTORIES))
$(shell mkdir -p $(OBJ_DIRECTORIES))
OBJPAW= \
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/libpaw_libxc.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_libpaw_defs.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_libpaw_mpi.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_libpaw_tools.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_libpaw_libxc.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paral_atom.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_numeric.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_sphharm.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_io.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawang.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawrad.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawtab.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_an.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_ij.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawfgrtab.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_finegrid.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawcprj.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawrhoij.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawdij.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawxc.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_atom.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_gaussfit.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawxmlps.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_pawpsp.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_init.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_occupancies.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_correlations.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_denpot.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_nhat.o\
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/m_paw_onsite.o
OBJTYPE= \
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/types.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/parallel_type_$(parallel).o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/shared_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/constants.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/numerics.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/odp_type_$(FFT).o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/element_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/atom_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/grids_type_$(FFT).o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/system_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/xc_type_$(xc).o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/tf_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/KG_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/DOS_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/td_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/ewald_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/tasks_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/stochastic_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/stopping_type.o\
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/simulation_type.o
OBJINT = \
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/utils.o\
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/$(FFT).o\
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/xc_interface_$(xc).o\
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/parallel_$(parallel).o\
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/lapack.o\
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/linalg.o\
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/splines.o
OBJSAO = \
$(OBJDIR)/$(SAODIR)/inputs.o\
$(OBJDIR)/$(SAODIR)/grids_$(FFT).o\
$(OBJDIR)/$(SAODIR)/odp_$(FFT).o
OBJTASK = \
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/operations_3D.o\
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/Spherical_Harmonics.o\
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/field_gradient.o\
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/distribute_field.o\
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/FFT2Matrix.o\
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/Fourier.o\
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/read_in.o
OBJPHYS = \
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Ewald.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Hartree.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Kinetic.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/External_Field.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/XC.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Density.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/HGH_Pseudopotentials.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/PAW_Pseudopotentials.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Local_Ion.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Non_Local_Ion.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Apply_Hamiltonian.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Non_Local_Ion_EnFoSt.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Chebychev.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Stochastic.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Thermostat.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Thomas_Fermi.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Entropy.o\
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/Chemical_Potential.o
OBJCALC = \
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/allocate_memory.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Orbital_Free_Min.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Update_Potentials_Energies.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/initialization_finalization.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Eigen_LOBPCG.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Eigen_ChebFilter.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Eigen_RMM_DIIS.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Stress_Pressure.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/SCF.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Stopping_Power.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Current.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Time_Dependent.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Kubo_Greenwood.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/DensityofStates.o\
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/Simple_Tests.o
OBJMAIN = \
$(OBJDIR)/$(MAINDIR)/main.o
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(PAWDIR)/%.c
$(CC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $<
$(OBJDIR)/$(PAWDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(PAWDIR)/%.F90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(PAWDIR)/
##Compilation order types > interfaces(libraries) > systems & option > tasks > physics > main
$(OBJDIR)/$(TYPDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(TYPDIR)/%.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(TYPDIR)/
$(OBJDIR)/$(INTDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(INTDIR)/%.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(INTDIR)/
$(OBJDIR)/$(SAODIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(SAODIR)/%.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(SAODIR)/
$(OBJDIR)/$(TASKDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(TASKDIR)/%.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(TASKDIR)/
$(OBJDIR)/$(PHYSDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(PHYSDIR)/%.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(PHYSDIR)/
$(OBJDIR)/$(CALCDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(CALCDIR)/%.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $< $(MODCMD)$(MODDIR)/$(CALCDIR)/
$(OBJDIR)/$(MAINDIR)/%.o: $(SRCDIR)/$(MAINDIR)/main.f90
$(FC) $(INC) $(FFLAG) -o $@ -c $<
LINK = $(LINALG) $(MPI_LINK_FLAGS) $(XC_LINK_FLAGS) $(FFTW_LINK_FLAGS)
gnu: FFLAG = -O3 -mcmodel=medium
gnu: LDFLAGS = $(FFLAG)
gnu: LINALG = -llapack -lblas
gnu: main.exe
mkl: FFLAG= -O3 -mcmodel=medium -m64 -I${MKLROOT}/include
mkl: LDFLAGS = $(FFLAG)
mkl: CFLAG= -O3 -mcmodel=medium -m64 -I${MKLROOT}/include
mkl: LINALG = -Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_gf_lp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_sequential.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a -Wl,--end-group -lpthread -lm -ldl
mkl: main.exe
debug: FFLAG = -Wall -Wextra -Wimplicit-interface -fPIC -fmax-errors=1 -g -fcheck=all -fbacktrace -ffpe-trap=invalid,zero,overflow
debug: LDFLAGS = $(FFLAG)
debug: LINALG = -llapack -lblas
debug: main.exe
main.exe: $(OBJPAW) $(OBJTYPE) $(OBJINT) $(OBJSAO) $(OBJTASK) $(OBJPHYS) $(OBJCALC) $(OBJMAIN)
$(FC) $(LDFLAGS) $(INC) -o main.exe $(OBJPAW) $(OBJTYPE) $(OBJINT) $(OBJSAO) $(OBJTASK) $(OBJPHYS) $(OBJCALC) $(OBJMAIN) $(LINK)
clean :
rm -rf $(OBJDIR) $(MODDIR) $(LIBDIR) $(SRCDIR)/$(PAWDIR)/*.mod $(SRCDIR)/$(TYPDIR)/*.mod $(SRCDIR)/$(INTDIR)/*.mod $(SRCDIR)/$(SAODIR)/*.mod $(SRCDIR)/$(TASKDIR)/*.mod $(SRCDIR)/$(PHYSDIR)/*.mod $(SRCDIR)/$(CALCDIR)/*.mod
rm main.exe