diff --git a/bin/combine_tables.py b/bin/combine_tables.py index 6604748d..7f8bebae 100755 --- a/bin/combine_tables.py +++ b/bin/combine_tables.py @@ -20,7 +20,7 @@ def parse_args(args=None): ) parser.add_argument("-b", "--busco_summary", metavar="FILE", help="BUSCO summary file.") parser.add_argument("-c", "--checkm_summary", metavar="FILE", help="CheckM summary file.") - parser.add_argument("-c", "--checkm2_summary", metavar="FILE", help="CheckM2 summary file.") + parser.add_argument("-C", "--checkm2_summary", metavar="FILE", help="CheckM2 summary file.") parser.add_argument("-q", "--quast_summary", metavar="FILE", help="QUAST BINS summary file.") parser.add_argument("-g", "--gtdbtk_summary", metavar="FILE", help="GTDB-Tk summary file.") parser.add_argument("-a", "--cat_summary", metavar="FILE", help="CAT table file.")