Reformat_cgem.R

library(ncdf4)
library(rlist)


source("cgem.nml.R")
rates <- read.csv("rates.csv")
growth <- read.csv("growth.csv")
hydro <- read.csv("hydro.csv")
light <- read.csv("light.csv")

vars <- "A1,Qn1,Qp1,Z1,Z2,NO3,NH4,PO4,DIC,O2,OM1A,OM2A,OM1Z,OM2Z,OM1R,OM2R,CDOM,Si,OM1BC,OM2BC,Alk,Tr,sx1A,sy1A,sx2A,sy2A,sx1Z,sy1Z,sx2Z,sy2Z"
vars <- unlist(strsplit(vars,","))

cgem <- list()
for(i in 1:length(vars)){
  varlist <- list()
  varfile <- paste0(vars[i],".nc")
  ncvar <- nc_open(varfile)
  varlist <- list.append(varlist,vars[i])
  variable <- ncvar_get(ncvar, vars[i])
  if(i==1) time <- ncvar_get(ncvar, "time")
  varlist <- list.append(varlist,variable)
  varlist <- list.append(varlist,ncatt_get(ncvar,vars[i],attname="units")$value)
  varlist <- list.append(varlist,ncatt_get(ncvar,vars[i],attname="description")$value)
  varlist <- list.append(varlist,min(variable))
  varlist <- list.append(varlist,max(variable))
  names(varlist) <- c("name","data","unit","description","min","max")
  cgem <- list.append(cgem,varlist)
}
names(cgem) <- vars

cgem$Qn1$data <- cgem$Qn1$data/cgem$A1$data
cgem$Qn1$min <- min(cgem$Qn1$data)
cgem$Qn1$max <- max(cgem$Qn1$data)

cgem$Qp1$data <- cgem$Qp1$data/cgem$A1$data
cgem$Qp1$min <- min(cgem$Qp1$data)
cgem$Qp1$max <- max(cgem$Qp1$data)

cgem$sx1A$data <- cgem$sx1A$data/cgem$OM1A$data
cgem$sx1A$min <- min(cgem$sx1A$data)
cgem$sx1A$max <- max(cgem$sx1A$data)

cgem$sy1A$data <- cgem$sy1A$data/cgem$OM1A$data
cgem$sy1A$min <- min(cgem$sy1A$data)
cgem$sy1A$max <- max(cgem$sy1A$data)

cgem$sx2A$data <- cgem$sx2A$data/cgem$OM2A$data
cgem$sx2A$min <- min(cgem$sx2A$data)
cgem$sx2A$max <- max(cgem$sx2A$data)

cgem$sy2A$data <- cgem$sy2A$data/cgem$OM2A$data
cgem$sy2A$min <- min(cgem$sy2A$data)
cgem$sy2A$max <- max(cgem$sy2A$data)

cgem$sx1Z$data <- cgem$sx1Z$data/cgem$OM1Z$data
cgem$sx1Z$min <- min(cgem$sx1Z$data)
cgem$sx1Z$max <- max(cgem$sx1Z$data)

cgem$sy1Z$data <- cgem$sy1Z$data/cgem$OM1Z$data
cgem$sy1Z$min <- min(cgem$sy1Z$data)
cgem$sy1Z$max <- max(cgem$sy1Z$data)

cgem$sx2Z$data <- cgem$sx2Z$data/cgem$OM2Z$data
cgem$sx2Z$min <- min(cgem$sx2Z$data)
cgem$sx2Z$max <- max(cgem$sx2Z$data)

cgem$sy2Z$data <- cgem$sy2Z$data/cgem$OM2Z$data
cgem$sy2Z$min <- min(cgem$sy2Z$data)
cgem$sy2Z$max <- max(cgem$sy2Z$data)

time <- as.POSIXct(time,origin="2007-01-01 00:00:00", tz="GMT")

hydro$time <- as.POSIXct(hydro$TC_8,origin="2007-01-01 00:00:00",tz="GMT")

saveRDS(growth,file="growth.rds")
saveRDS(hydro,file="hydro.rds")
saveRDS(light,file="light.rds")
saveRDS(rates,file="rates.rds")
saveRDS(time,file="time.rds")
saveRDS(cgem,file="cgem.rds")