Analysis pipeline for MeDIP-seq
原理 目录
Bisulfite-Sequencing原理 目录
优点：可以获得单碱基分辨率的甲基化位点
缺点：
- 重硫酸盐处理步骤成本高且费时；
- 苛刻但又是必须的反应条件会导致DNA降解；
- 转换后的基因组的复杂性降低，会给随后的PCR扩增过程的引物设计带来一些限制；
- 增加了与参考基因组比对的难度；
- 无法区别 cytosine，mC 和 hmC；
Bismark原理 目录
Bisulfite将序列正负链的C全部转换为T，所以也要将基因组序列进行转换。
- 基因组的正链C->T，才能匹配原正链的reads
- 基因组的负链C->T相当于正链G->A，才能匹配原负链的reads
参考资料：
(2) Flusberg, B.A. et al. Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing. Nat. Methods 7, 461–465 (2010).