Skip to content

Latest commit

 

History

History
37 lines (18 loc) · 1.8 KB

README.md

File metadata and controls

37 lines (18 loc) · 1.8 KB

Длины и положение пиков

ENCFF540NGG.hg19.hist

chip_seeker.ENCFF540NGG.hg19.filtered.plotAnnoPie

ENCFF759NWD.hg19.hist

chip_seeker.H3K4me1_K562.intersect.plotAnnoPie

Известное расположение вторичной структуры ДНК (zhunt)

chip_seeker.zhunt.plotAnnoPie

zhunt.hist

Пересечения

cat *.hg19.filtered.bed | sort -k1,1 -k2,2n | bedtools merge > H3K4me1_K562.merge.hg19.bed

[filter with src/filter.py]

bedtools intersect -a zhunt.bed -b H3K4me1_K562.merge.hg19.filtered.bed > H3K4me1_K562.intersect.bed

chip_seeker.H3K4me1_K562.intersect.plotAnnoPie

H3K4me1_K562.intersect.hist

Пример пересечения: chr1:162249261-162249269

intersect.genome_browser

Анализ

4983 пика ассоциированы с 3403 различными генами. Наиболее значимые категории - связанные с распознаванием запахов (detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell, sensory perception of smell, detection of chemical stimulus involved in sensory perception, sensory perception of chemical stimulus, detection of stimulus involved in sensory perception).