- 官方文档: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki
- 官方邮件列表: https://www.mail-archive.com/[email protected]/
- 源代码: https://github.com/freesurfer/freesurfer
- 命令行工具列表：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferCommands
- recon-all对T1进行皮层重建的流程，具体步骤见ReconAllTable。
- mri_convert进行格式转换。
- mri_robust_template对T1追踪数据构建一个模板。
- talairach_avi在recon-all流程中，将图像配准到MNI305，生成的文件用于计算eTIV。
- mri_normalize在recon-all流程中，将图像白质部分信号调整为110左右。
- mri_em_register进行图像配准。
- mri_watershed进行脑提取。
- mri_ca_register进行图像配准。
- mri_ca_label对皮层下结构进行标记。
- mri_mask对图像进行mask。
- mri_segment分离白质。
- mri_pretess去除以非面相邻的白质体素。
- mri_tessellate对图像进行网格化，生成表面。
- mris_smooth对皮层表面进行平滑。
- mris_inflate使皮层表面膨胀。
- mris_make_surfaces生成白质皮层(white surface)和脑膜皮层(pial surface)。
- mris_curvature计算平均曲率和高斯曲率。
- mris_register将皮层表面配准到皮层表面模板。
- mris_ca_label对单个被试进行结构标记(anatomical labelling)，生成一个annotation文件。
- bbregister进行基于边界(boundary-based)的被试内(within-subject)跨模态(cross-modal)的配准。
- mris_anatomical_stats计算一些指标，比如皮层厚度等。
- mri_aparc2aseg将皮层分区标签(aparc)映射到体积(volume)分割(aseg)的结果上。
- mri_segstats根据体积分割计算一些指标，比如皮下核团的体积。
- mri_label2label将标签(label)在不同空间进行转换。
- mri_vol2surf将体积(volume)上的值映射到皮层表面。
- mri_surf2vol将皮层表面的值映射到体积。