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Develop > Master / Prepa 1.7.2

VERSION

@@ -1 +1 @@
-1.7.1
+1.7.2

apptax/taxonomie/models.py

@@ -201,6 +201,7 @@ class VMTaxrefListForautocomplete(serializableModel, db.Model):
     cd_ref = db.Column(db.Integer)
     nom_valide = db.Column(db.Unicode)
     lb_nom = db.Column(db.Unicode)
+    nom_vern = db.Column(db.Unicode)
     regne = db.Column(db.Unicode)
     group2_inpn = db.Column(db.Unicode)
 

apptax/taxonomie/routesbiblistes.py

@@ -155,7 +155,7 @@ def getNoms_bibtaxons(idliste):
     # Traitement des parametres
     parameters = request.args
     limit = parameters.get("limit", 100, int)
-    page = parameters.get("page", 0, int)
+    page = parameters.get("page", 1, int)
     offset = parameters.get("offset", 0, int)
     (limit, offset, page) = calculate_offset_page(limit, offset, page)
 

apptax/taxonomie/routesbibnoms.py

@@ -41,7 +41,7 @@ def get_bibtaxons():
 
     # Traitement des parametres
     limit = parameters.get("limit", 20, int)
-    page = parameters.get("page", 0, int)
+    page = parameters.get("page", 1, int)
     offset = parameters.get("offset", 0, int)
     (limit, offset, page) = calculate_offset_page(limit, offset, page)
 

apptax/taxonomie/routestaxref.py

@@ -219,7 +219,7 @@ def genericTaxrefList(inBibtaxon, parameters):
 
     # Traitement des parametres
     limit = parameters.get("limit", 20, int)
-    page = parameters.get("page", 0, int)
+    page = parameters.get("page", 1, int)
     offset = parameters.get("offset", 0, int)
     (limit, offset, page) = calculate_offset_page(limit, offset, page)
 
@@ -360,10 +360,9 @@ def get_AllTaxrefNameByListe(id_liste):
     )
 
     limit = request.args.get("limit", 20, int)
-    page = request.args.get("page", 0, int)
+    page = request.args.get("page", 1, int)
     offset = request.args.get("offset", 0, int)
     (limit, offset, page) = calculate_offset_page(limit, offset, page)
-
     data = q.limit(limit).offset(offset).all()
 
     if search_name:

apptax/utils/genericfunctions.py

@@ -10,10 +10,15 @@ def calculate_offset_page(limit, offset, page):
             offset et page
         Si un offset est défini
             il prend le pas sur le paramètre page
+        Le paramètre page est seulement indicatif, il commence à 1 et ne peut être < 1
+        Le offset commence à 0 et ne peut pas être négatif
     """
     if offset:
+        if offset < 0:
+            offset = 0
         page = int(offset / limit)
         return (limit, offset, page)
     else:
+        page = 1 if page < 1  else page
         offset = (page-1) * limit
         return (limit, offset, page)

data/taxhubdata.sql

@@ -38,6 +38,7 @@ SELECT
   t.search_name,
   t.nom_valide,
   t.lb_nom,
+  t.nom_vern,
   t.regne,
   t.group2_inpn
 FROM (
@@ -48,6 +49,7 @@ FROM (
     concat(t_1.lb_nom, ' =  <i> ', t_1.nom_valide, '</i>', ' - [', t_1.id_rang, ' - ', t_1.cd_nom , ']') AS search_name,
     t_1.nom_valide,
     t_1.lb_nom,
+    t_1.nom_vern,
     t_1.regne,
     t_1.group2_inpn
   FROM taxonomie.taxref t_1
@@ -61,6 +63,7 @@ FROM (
     concat(split_part(t_1.nom_vern, ',', 1), ' =  <i> ', t_1.nom_valide, '</i>', ' - [', t_1.id_rang, ' - ', t_1.cd_ref , ']' ) AS search_name,
     t_1.nom_valide,
     t_1.lb_nom,
+    t_1.nom_vern,
     t_1.regne,
     t_1.group2_inpn
   FROM taxonomie.taxref t_1

data/update1.7.1to1.7.2.sql

@@ -0,0 +1,58 @@
+
+-- Creation d'une vue matérialis&ée de tous les noms de Taxref mis en forme pour la recherche de taxons
+--    avec le nom vernaculaire
+DROP MATERIALIZED VIEW IF EXISTS taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete;
+
+CREATE MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete AS
+SELECT
+  row_number() OVER() as gid,
+  t.cd_nom,
+  t.cd_ref,
+  t.search_name,
+  t.nom_valide,
+  t.lb_nom,
+  t.nom_vern,
+  t.regne,
+  t.group2_inpn
+FROM (
+  -- PARTIE NOM SCIENTIFIQUE : ici on prend TOUS les synonymes.
+  SELECT
+    t_1.cd_nom,
+    t_1.cd_ref,
+    concat(t_1.lb_nom, ' =  <i> ', t_1.nom_valide, '</i>', ' - [', t_1.id_rang, ' - ', t_1.cd_nom , ']') AS search_name,
+    t_1.nom_valide,
+    t_1.lb_nom,
+    t_1.nom_vern,
+    t_1.regne,
+    t_1.group2_inpn
+  FROM taxonomie.taxref t_1
+  UNION
+  -- PARTIE NOM FRANCAIS : ici on prend une seule fois (DISTINCT) dans Taxref tous les taxons de références
+  -- On ne prend pas les taxons qui n'ont pas de nom vern dans taxref,
+  -- donc si un taxon n'a pas de nom vern dans Taxref, il n'est accessible que par son nom scientifique.
+  SELECT DISTINCT
+    t_1.cd_nom,
+    t_1.cd_ref,
+    concat(split_part(t_1.nom_vern, ',', 1), ' =  <i> ', t_1.nom_valide, '</i>', ' - [', t_1.id_rang, ' - ', t_1.cd_ref , ']' ) AS search_name,
+    t_1.nom_valide,
+    t_1.lb_nom,
+    t_1.nom_vern,
+    t_1.regne,
+    t_1.group2_inpn
+  FROM taxonomie.taxref t_1
+  WHERE t_1.nom_vern IS NOT null and t_1.cd_nom = t_1.cd_ref
+) t;
+COMMENT ON MATERIALIZED VIEW taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete
+    IS 'Vue matérialisée permettant de faire des autocomplete construite à partir d''une requete sur tout taxref.';
+
+-- Creation des index de la table vm_taxref_list_forautocomplete
+CREATE unique index i_vm_taxref_list_forautocomplete_gid
+  ON taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete (gid);
+CREATE INDEX i_vm_taxref_list_forautocomplete_cd_nom
+  ON taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete (cd_nom ASC NULLS LAST);
+CREATE INDEX i_vm_taxref_list_forautocomplete_search_name
+  ON taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete (search_name ASC NULLS LAST);
+CREATE INDEX i_tri_vm_taxref_list_forautocomplete_search_name
+  ON taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete
+  USING gist
+  (search_name  gist_trgm_ops);

docs/changelog.rst

@@ -2,6 +2,22 @@
 CHANGELOG
 =========
 
+1.7.2 (2020-07-03)
+------------------
+
+**🚀 Nouveautés**
+
+* Ajout du nom vernaculaire (``nom_vern``) dans la vue matérialisée ``taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete`` et dans la route associée (``api/taxref/allnamebylist/``)
+
+**🐛 Corrections**
+
+* Correction de la pagination des routes quand le paramètre ``offset`` est égal à zéro (nécessaire pour Sync-mobile)
+
+**⚠️ Notes de version**
+
+* Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.1to1.7.2.sql)
+* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
+
 1.7.1 (2020-07-02)
 ------------------