Alter taxref route and deprecated warning

apptax/taxonomie/models.py

@@ -1,3 +1,4 @@
+from flask import url_for
 from sqlalchemy import ForeignKey, select, func, event
 
 from sqlalchemy.ext.hybrid import hybrid_property
@@ -172,14 +173,17 @@
     url = db.Column(db.Unicode)
 
     status = db.relationship("VBdcStatus", order_by="VBdcStatus.lb_type_statut")
-    rang = db.relationship("BibTaxrefRangs", uselist=False)
     synonymes = db.relationship(
         "Taxref", foreign_keys=[cd_ref], primaryjoin="Taxref.cd_ref == Taxref.cd_ref", uselist=True
     )
     attributs = db.relationship("CorTaxonAttribut", back_populates="taxon")
     listes = db.relationship("BibListes", secondary=cor_nom_liste, back_populates="noms")
     medias = db.relationship("apptax.taxonomie.models.TMedias", back_populates="taxon")
 
+    rang = db.relationship("BibTaxrefRangs", uselist=False)
+    habitat = db.relationship("BibTaxrefHabitats", uselist=False)
+    statut_presence = db.relationship("BibTaxrefStatus", uselist=False)
+
     @hybrid_property
     def nom_vern_or_lb_nom(self):
         return self.nom_vern if self.nom_vern else self.lb_nom
@@ -313,7 +317,7 @@
         if self.url:
             return self.url
         else:
-            return url_for("media", filename=self.chemin, _external=True)
+            return url_for("media_taxhub", filename=self.chemin, _external=True)
 
     def __repr__(self):
         return self.titre
@@ -343,7 +347,7 @@
 class BibTaxrefHabitats(db.Model):
     __tablename__ = "bib_taxref_habitats"
     __table_args__ = {"schema": "taxonomie"}
-    id_habitat = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
+    id_habitat = db.Column(db.Integer, ForeignKey("taxonomie.taxref.id_habitat"), primary_key=True)
     nom_habitat = db.Column(db.Unicode)
     desc_habitat = db.Column(db.Text)
 
@@ -367,7 +371,7 @@
 class BibTaxrefStatus(db.Model):
     __tablename__ = "bib_taxref_statuts"
     __table_args__ = {"schema": "taxonomie"}
-    id_statut = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
+    id_statut = db.Column(db.Integer, ForeignKey("taxonomie.taxref.id_statut"), primary_key=True)
     nom_statut = db.Column(db.Unicode)
 
     def __repr__(self):

apptax/taxonomie/repositories.py

@@ -1,31 +1,22 @@
 import logging
-import os.path
 from typing import List
 
-from flask import current_app
-from sqlalchemy.exc import IntegrityError
+from sqlalchemy import select
 from sqlalchemy.orm import joinedload
 
 from . import db
 from ..utils.utilssqlalchemy import dict_merge
-from .models import (
-    TaxrefBdcStatutCorTextValues,
-    TaxrefBdcStatutTaxon,
-    TaxrefBdcStatutText,
-    TaxrefBdcStatutType,
-    TaxrefBdcStatutValues,
-    VBdcStatus,
-    TMedias,
-)
+from .models import TaxrefBdcStatutCorTextValues, TaxrefBdcStatutTaxon, TaxrefBdcStatutText
 from ref_geo.models import LAreas
 
 
 logger = logging.getLogger()
 
 
 class BdcStatusRepository:
+
+    @staticmethod
     def get_status(
-        self,
         cd_ref: int,
         type_statut: str,
         areas: List[int] = None,
@@ -34,40 +25,44 @@
         format=False,
     ):
         """
-            Retourne la liste des statuts associés à un taxon
-            sous forme hiérarchique
-
-        Args:
-            cd_ref (int): cd_ref
-            type_statut (str): code du type de statut
-            areas (List[int], optional): limite les statuts renvoyés
-                aux identifiants de zones géographiques fournies.
-            areas_code (List[str], optional): limite les statuts renvoyés
-                aux codes de zones géographiques fournies.
-            enable (bool, optional): ne retourner que les statuts actifs Defaults to True.
-            format (bool, optional): retourne les données formatées. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            listes des statuts du taxon
+        Retourne la liste des statuts associés à un taxon sous forme hiérarchique.
+
+        Parameters
+        ----------
+        cd_ref : int
+            cd_ref
+        type_statut : str
+            code du type de statut
+        areas : List[int], optional
+            Limite les statuts renvoyés aux identifiants de zones géographiques fournies.
+        areas_code : List[str], optional
+            Limite les statuts renvoyés aux codes de zones géographiques fournies.
+        enable : bool, optional
+            Ne retourner que les statuts actifs (default is True)
+        format : bool, optional
+            Retourne les données formatées (default is False)
+
+        Returns
+        -------
+        listes des statuts du taxon
         """
-        q = (
-            db.session.query(TaxrefBdcStatutTaxon)
+        query = (
+            select(TaxrefBdcStatutTaxon)
             .join(TaxrefBdcStatutCorTextValues)
             .join(TaxrefBdcStatutText)
-            .filter(TaxrefBdcStatutTaxon.cd_ref == cd_ref)
-            .filter(TaxrefBdcStatutText.enable == enable)
+            .where(TaxrefBdcStatutTaxon.cd_ref == cd_ref, TaxrefBdcStatutText.enable == enable)
         )
 
         if type_statut:
-            q = q.filter(TaxrefBdcStatutText.cd_type_statut == type_statut)
+            query = query.where(TaxrefBdcStatutText.cd_type_statut == type_statut)
 
         if areas:
-            q = q.filter(TaxrefBdcStatutText.areas.any(LAreas.id_area.in_(areas)))
+            query = query.where(TaxrefBdcStatutText.areas.any(LAreas.id_area.in_(areas)))
 
         if areas_code:
-            q = q.filter(TaxrefBdcStatutText.areas.any(LAreas.area_code.in_(areas_code)))
+            query = query.where(TaxrefBdcStatutText.areas.any(LAreas.area_code.in_(areas_code)))
 
-        q = q.options(
+        query = query.options(
             joinedload(TaxrefBdcStatutTaxon.value_text).joinedload(
                 TaxrefBdcStatutCorTextValues.value
             )
@@ -76,27 +71,27 @@
             .joinedload(TaxrefBdcStatutCorTextValues.text)
             .joinedload(TaxrefBdcStatutText.type_statut)
         )
-        data = q.all()
+        data = db.session.scalars(query).all()
 
         # Retour des données sous forme formatées ou pas
         if format:
-            return self.format_hierarchy_status(data)
+            return BdcStatusRepository.format_hierarchy_status(data)
         else:
             return data
 
-    def format_hierarchy_status(self, data):
+    @staticmethod
+    def format_hierarchy_status(data):
         """
-            Formatage des données sous la forme d'un dictionnaire
-            type de statut : {
-                [text : {
-                    [valeurs]
-                }]
-            }
+        Formatage des données sous la forme d'un dictionnaire
 
-        Args:
-            data ([resultProxy]): Données à formater
+        Parameters
+        ----------
+        data : resultProxy
+            Données à formater
 
-        Returns:
+        Returns
+        -------
+        dict
             [type]: [description]
         """
         results = {}

apptax/taxonomie/routesbdcstatuts.py

@@ -45,7 +45,7 @@
     # get parameters type:
     type_statut = request.args.get("type_statut")
 
-    results = BdcStatusRepository().get_status(
+    results = BdcStatusRepository.get_status(
         cd_ref=cd_ref, type_statut=type_statut, enable=True, format=True
     )
 

apptax/taxonomie/routesbibnoms.py

@@ -1,8 +1,8 @@
 # coding: utf8
+from warnings import warn
 import logging
 
-from flask import json, Blueprint, request, current_app
-from sqlalchemy import func
+from flask import Blueprint, request
 from werkzeug.exceptions import NotFound
 
 
@@ -16,7 +16,6 @@
 )
 from .models import Taxref, CorTaxonAttribut, BibThemes, BibAttributs, TMedias
 from .schemas import TMediasSchema
-from pypnusershub import routes as fnauth
 from . import db
 
 adresses = Blueprint("bib_noms", __name__)
@@ -37,6 +36,11 @@ def getOne_bibtaxonsInfo(cd_nom):
         - id_attribut(integer): id_attribut
                 (Possibilité de passer plusiers id_attribut)
     """
+    warn(
+        "Route taxoninfo is deprecated, please use taxref detail route instead)",
+        DeprecationWarning,
+    )
+
     # Récupération du cd_ref à partir du cd_nom
     taxon = Taxref.query.get(cd_nom)
     if not taxon: