You can install the development version of UCONN from GitHub with:
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("TheoreticalEcology/UCONN")This is a basic example which shows you how to solve a common problem:
library(UCONN)
n = 100
sp = 10
e = 2
X = mvtnorm::rmvnorm(n, sigma = diag(1.0, e))
w = mvtnorm::rmvnorm(sp, sigma = diag(1.0, e))
sigma = cov2cor(rWishart(1, sp, Sigma = diag(1.0, sp))[,,1])
Y = 1*(X %*% t(w) + mvtnorm::rmvnorm(n, sigma = sigma) < 0 )
model = uconn(Y, X)
#> Epoch: 60/200 ■■■■■■■■■■ ETA: 2s Train: 4.7568Epoch: 61/200 ■■■■■■■■■■ ETA: 3s Train: 4.7784Epoch: 74/200 ■■■■■■■■■■■■ ETA: 2s Train: 4.7457Epoch: 87/200 ■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 2s Train: 4.7059Epoch: 99/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 2s Train: 4.7054Epoch: 114/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 2s Train: 4.6848Epoch: 124/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 1s Train: 4.6691Epoch: 135/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 1s Train: 4.6472Epoch: 150/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 1s Train: 4.6281Epoch: 165/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 1s Train: 4.6139Epoch: 179/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 0s Train: 4.5951Epoch: 194/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 0s Train: 4.5902Epoch: 200/200 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ETA: 0s Train: 4.5819
model
#> latent_1 latent_2
#> env_1 0.0003931115 3.629851e-05
#> env_2 0.0002011056 2.187281e-04
plot(model)