Pathling Auswertungen zu FHIR ImagingStudies

Dieses containerisierte Tool startet alle notwendigen Abhängigkeiten von Pathling und führt ein Analyseskript aus. Dabei liest das Tool FHIR Resourcen aus einem konfigurierbaren Kafka-Topic aus und speichert alle Analyseergebnisse in csv Dateien im Ordner output/ ab.

Abhängigkeiten installieren

python3 pip install -r requirements.txt

Ausführung

docker compose up

Umgebungsvariablen

Die Anwendung kann über das compose.yaml konfiguriert werden.

• KAFKA_BOOTSTRAP_SERVER: KAFKA_BOOTSTRAP_SERVER (die Anwendung liest aus Apache Kafka)
• KAFKA_IMAGING_STUDY_TOPIC: "fhir.pacs.imagingStudy": Kafka Topic, aus dem die Anwendung liest
• PARTITION_A: "0"
• PARTITION_B: "1": aufgrund der Größe des Kafka Topics werden nur zwei Partitionen pro Durchlauf verarbeitet. Um das gesamte Topic zu verarbeiten, diese Parameter iterativ im Bereich 0 - 11 ändern und die Anwendung mehrmals starten.