DDBJ BioSample

XML 定義

NCBI BioSample のように現在の DDBJ BioSample の属性とパッケージの定義 XML を追加しました。 ウェブサイト 実際には Attribute XML しか使わないと思います。

• NCBI BioSample Attributes XML
• NCBI BioSample Packages XML

  <Attribute>
    <Name>sample_name</Name>
    <HarmonizedName/>
    <Description>The sample name is a name that you choose for the sample, it works as an ID. Each sample name must be unique in a submission. Sample name cannot be changed after registration. After submitting BioSamples from D-way, BioSamples are sorted in alphabetical order of sample_name values</Description>
    <DescriptionJapanese>sample name は登録者がサンプルに付ける名前で ID として機能します。sample name は Submission においてユニークである必要があります。登録後は sample name を変更することはできません。1 submission 中で投稿された複数サンプルは sample_name のアルファベット順に並べ替えられますのでご注意ください。</DescriptionJapanese>
    <Format>[A-Z][a-z][0-9](){}[]+-_.</Format>
    <Synonym/>
    <Package use="mandatory">Generic</Package>
    <Package use="mandatory">MIMS.me</Package>
    <Package use="mandatory">MIGS.ba</Package>
    <Package use="mandatory">MIGS.eu</Package>
    <Package use="mandatory">MIGS.vi</Package>
    <Package use="mandatory">MIMARKS.specimen</Package>
    <Package use="mandatory">MIMARKS.survey</Package>
  </Attribute>

• Description: 英語の説明
• DescriptionJapanese: 日本語の説明
• Format: 形式
• Package: 属性が必須 or 任意であるパッケージ

BioSample XML の例

BioSample SSUB Submission tsv と xml の実例を追加しました（全部で 17）。 https://github.com/ddbj/ddbj_validator/tree/master/ykodama/example

BioSample XML の作成

https://github.com/ddbj/ddbj_validator/tree/master/ykodama/definition_by_xml

マスター定義エクセルファイル

• attributes.xlsx

タブ区切りテキストファイルで保存し、整形したもの *biosample-attributes.txt

• excel2pac.rb: txt から packages xml を生成
• excel2xml.rb: txt から attributes xml を生成

Postgres RDB リストア

テスト BioProject と BioSample のスクリプト形式のダンプ。 ykodama 直下の

• bioproject.test.20160311.dump.gz
• biosample.test.20160308.dump.gz

他の人にアクセスさせないでください。

DB 作成後、postgres Super User でリストア。

psql bstest < biosample.test.20160308.dump

psql bptest < bioproject.test.20160311.dump