SSUB submission id

Submission ID

NCBI で Submission ID を出力しているのは BioProject でした。

<Submission last_update="2012-04-20" submitted="2012-04-20" submission_id="SUB083858">

BioSample には出力する規定の場所はありませんので、BioSample 要素の属性として含めるようにします。

<BioSample access="public" last_update="2016-03-25T15:16:19.537+09:00">

→

<BioSample access="public" last_update="2016-03-25T15:16:19.537+09:00" submission_id="SSUB005479">

rule 6

そのアカウントで取得されている BioProject ID であるかのチェック。 参照権限のある BioProject ID というチェックはしていないので削除しました。

rule 70

cgi にアンブレラチェックを組み込んでいなかったので、追加しました。 https://github.com/ddbj/ddbj_validator/blob/master/ykodama/cgi/bs_check_20160411.rb

L485 project_type: primary or umbrella を RDB から取得

L711 参照されている BioProject が primary 以外でエラーメッセージ

rule 91

DDBJ BioSample に記録されている locus tag prefix と重複していないかどうか、というチェックを cgi に組み込んでなかったので、追加しました。

https://github.com/ddbj/ddbj_validator/blob/master/ykodama/cgi/bs_check_20160411.rb

L974 BioSample RDB から全 locus tag prefix を取得

L1467 locus tag の DDBJ BioSample 属性値でのユニークネスをチェック