Skip to content

meeting_20170627

Jump to bottom
Kodama Yuichi edited this page Jun 9, 2017 · 28 revisions

2017-06-27 打合せ

日時: 2017-06-27（水）15:00-
場所: W207
参加: 岡別府、大石、藤澤、児玉、渡邊、藤本

アジェンダ

現行 BioSample 登録システムへの組み込み

現行 BioSample パッケージとの相違点

sample name アカウント単位ではなく submission 単位でユニーク要求

  • rule 28 Duplicate Sample Names

sample name は submission 単位でのチェックになっているので OK
むしろ 1.0 でアカウント単位チェックへの変更が必要

パッケージが異なる

現行パッケージ
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/attribute.html

  • rule 26 Unknown Package
  • rule 83 package_vs_organism > MIMS Environmental/Metagenome
  • rule 84 package_vs_organism > MIGS Cultured Bacterial/Archaeal
  • rule 85 package_vs_organism > MIGS Eukaryotic
  • rule 86 package_vs_organism > MIGS Viral
  • rule 88 package_vs_organism > MIMARKS Survey related

パッケージ名と必須、at least one required 情報は RDF から取得している？
RDF が現行 NCBI BioSample package 名 準拠だと、パッケージ名と属性セットが異なる
現行パッケージの RDF を作成すればよい？

現行 DDBJ BioSample Package 名

  • Generic
  • MIGS.ba
  • MIGS.eu
  • MIGS.vi
  • MIMARKS.specimen
  • MIMARKS.survey
  • MIMS.me

現行 DDBJ BioSample Env package 名 # 上のパッケージ名に付加される (例 MIMS.me.human-oral)

  • air
  • host-associated
  • human-associated
  • human-gut
  • microbial
  • miscellaneous
  • no-package
  • oral
  • plant-associated
  • sediment
  • skin
  • soil
  • vaginal
  • wastewater
  • water

Pathogen # 未使用 Pathogen.ba-cl # 未使用 Pathogen.ba-env # 未使用 Pathogen.vi-cl # 未使用 Pathogen.vi-env # 未使用

at least one required

現行では未実装

  • rule 36 Missing group of at least one required Attributes スキップ

属性名

bioproject_accession → 現行 bioproject_id

BioProject 番号を取得する属性名が異なる

  • rule 69 Warning about BioProject increment
  • rule 70 Invalid BioProject type
  • rule 95 BioProject submission id replacement

1.0 rule

locus tag prefix

前回未議論

sample name

rule 28 Duplicate Sample Names

ユニークネスチェックを submission 単位からアカウント単位に変更

アカウント ID 'account' の killed (5600), cancelled (5700), suppressed (5800) 以外の BioSample の sample_name を取得する SQL

SELECT sample_name FROM mass.submission sub JOIN mass.sample sam USING(submission_id) WHERE sub.submitter_id = 'afujiyam' AND sam.status_id NOT IN (5600, 5700, 5800);

アンブレラプロジェクト

現行システムでは primary project として submit された後、コメント or 登録者からの依頼によりキュレータが手動で primary を umbrella に変更している。 次期、システムではマニュアルワーク排除のため umbrella チェックされていれば umbrella として登録する そのため umbrella を考慮した XML 処理が必要になる

Primary

<ProjectType>
	<ProjectTypeSubmission>
		<Target sample_scope="eMonoisolate" material="eTranscriptome" capture="eWhole">
			<Organism taxID="3197">
				<OrganismName>Marchantia polymorpha</OrganismName>
			</Organism>
		</Target>
		<Method method_type="eSequencing" />
		<Objectives>
			<Data data_type="eRawSequenceReads" />
		</Objectives>
		<ProjectDataTypeSet>
			<DataType>Transcriptome or Gene Expression</DataType>
		</ProjectDataTypeSet>
	</ProjectTypeSubmission>
</ProjectType>

Umbrella

<ProjectType>
	<ProjectTypeTopAdmin subtype="eOther">
		<Organism taxID="55188">
			<OrganismName>Citrus unshiu</OrganismName>
			<Strain>Miyagawa wase</Strain>
			<Organization>eMulticellular</Organization>
			<Reproduction>eSexual</Reproduction>
			<RepliconSet>
				<Ploidy type="eDiploid" />
			</RepliconSet>
			<GenomeSize units="Mb">350</GenomeSize>
		</Organism>
	</ProjectTypeTopAdmin>
</ProjectType>

Organism の取得 Xpath を ProjectTypeSubmission ProjectTypeTopAdmin 非依存にする

Umbrella では sample_scope material capture がない

subtype xsd cv check は rule 29 Invalid value for controlled terms: subtype として実装済み

primary 投稿時に当該アカウントで登録されている umbrella を指定できるようにする（現在はキュレータが primary → umbrella の対応付けをリクエストベースで実施している）
primary → umbrella の対応関係整合性チェックは rule 16 Invalid project is selected as an umbrella project. Please select a valid umbrella project. で実装済み

次回

メモ

submission/validation api

Clone this wiki locally