meeting_20170627

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Kodama Yuichi edited this page Jun 9, 2017 · 28 revisions

2017-06-27 打合せ

日時: 2017-06-27（水）15:00-
場所: W207
参加: 岡別府、大石、藤澤、児玉、渡邊、藤本

アジェンダ

現行 BioSample 登録システムへの組み込み

現行 BioSample パッケージとの相違点

sample name アカウント単位ではなく submission 単位でユニーク要求

rule 28 Duplicate Sample Names

sample name は submission 単位でのチェックになっているので OK
むしろ 1.0 でアカウント単位チェックへの変更が必要

パッケージが異なる

現行パッケージ
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/attribute.html

rule 26 Unknown Package
rule 83 package_vs_organism > MIMS Environmental/Metagenome
rule 84 package_vs_organism > MIGS Cultured Bacterial/Archaeal
rule 85 package_vs_organism > MIGS Eukaryotic
rule 86 package_vs_organism > MIGS Viral
rule 88 package_vs_organism > MIMARKS Survey related

パッケージ名と必須、at least one required 情報は RDF から取得している？
RDF が現行 NCBI BioSample package 名準拠だと、パッケージ名と属性セットが異なる
現行パッケージの RDF を作成すればよい？

現行 DDBJ BioSample Package 名

Generic
MIGS.ba
MIGS.eu
MIGS.vi
MIMARKS.specimen
MIMARKS.survey
MIMS.me

現行 DDBJ BioSample Env package 名 # 上のパッケージ名に付加される (例 MIMS.me.human-oral)

air
host-associated
human-associated
human-gut
microbial
miscellaneous
no-package
oral
plant-associated
sediment
skin
soil
vaginal
wastewater
water

Pathogen # 未使用 Pathogen.ba-cl # 未使用 Pathogen.ba-env # 未使用 Pathogen.vi-cl # 未使用 Pathogen.vi-env # 未使用

at least one required

現行では未実装

rule 36 Missing group of at least one required Attributes スキップ

属性名

bioproject_accession → 現行 bioproject_id

BioProject 番号を取得する属性名が異なる

rule 69 Warning about BioProject increment
rule 70 Invalid BioProject type
rule 95 BioProject submission id replacement

locus_tag_prefix

前回未議論

次回

メモ